Informație

De ce există mai multe secvențe pentru același segment pentru o „tulpină” individuală de gripă?


Mă uit la genomul virusului gripal utilizat în vaccinul antigripal 2017-2018: A/Michigan/45/2015.

Când mă uit mai jos la segmentele individuale, există 4 secvențe pentru fiecare segment - nu ar trebui să existe doar una pentru o singură „tulpină”? Se datorează ratelor rapide de mutație? Sau este faptul că includ atât sensul pozitiv, cât și cel negativ al virusului?

Edit: scuze, link aici:

https://www.fludb.org/brc/fluStrainDetails.spg?strainName=A/Michigan/45/2015(H1N1)&decorator=influenza


Mi se pare că site-ul web la care te uiți preia în mare parte date disponibile public de la Genebank (depozitul NCBI pentru datele secvenței) și le colectează pentru a forma o imagine de ansamblu.

Pentru întrebarea dvs., aceasta înseamnă că există 4 seturi de date de secvență disponibile pentru tulpina de gripă A/Michigan/45/2015 - acestea sunt probabil foarte asemănătoare, dar pe baza lungimii segmentului raportate nu sunt chiar identice.

Sau este faptul că includ atât sensul pozitiv, cât și cel negativ al virusului?

Dacă te referi la pozitiv și negativ șuviță a ADN-ului, atunci nu - deoarece secvența acestor două este întotdeauna complementară, depozitele Genebank stochează doar secvența directă.

De asemenea, puteți vedea că cele 4 seturi de date diferite au similare Numerele de aderare:
KY117020 - 27 (trecerea M1/C3)
KU509700 - 07 (Pasajul E1)
KU933490 - 07 (Pasajul E3)
KY090607 - 14 (trecerea M1/IR)

Puteți căuta mai multe detalii pentru aceste accesări pe site-ul băncii de gene:

  • Se pare că toate cele 4 seturi de date provin din aceeași publicație
  • … care aparent nu a fost publicat niciodată (deci nu este disponibil online), dar ar putea face parte dintr-un program OMS?
  • Principala diferență dintre cele 4 seturi de date pe care le pot găsi este trecere a tulpinii. Nu sunt virolog, așa că nu sunt foarte sigur ce înseamnă, dar în biologia celulară pasajul descrie timpul în care a fost o anumită linie celulară (in vitro) cultură.

Acest lucru este destul de tipic pentru gripă și reflectă ambiguitatea „secvenței” atunci când se vorbește despre virusurile ARN cu mutații rapide. Astfel de viruși există ca un „nor” de secvențe variabile; o singură replicare a gripei este probabil să conțină variante la fiecare loc unic al genomului. Acest lucru permite, de asemenea, virusului să sufere o selecție naturală extrem de rapidă, inclusiv în timpul trecerilor de laborator (care, evident, nu sunt efectuate folosind oameni infectați, dar ar putea fi în diferite tipuri de celule sau foarte des în ouă).

Un scenariu obișnuit pentru un izolat de gripă (în special unul care, ca MI/45, este utilizat în vaccinuri) ar fi să tamponați nasul cuiva, să folosiți tamponul pentru a inocula un ou pentru a pregăti un virus stoc, să trimiteți acel stoc la alte laboratoare, să crească un subset în celule, un alt laborator să crească unele în celulele sau ouăle lor și așa mai departe. Dacă este folosit în vaccinuri, ar putea fi transformat într-un reasortant cu o coloană vertebrală diferită (mai puțin virulentă), dar genele de suprafață ar fi încă denumite MI/45. Fiecare laborator ar ordona virusul, adesea în mai mulți pași în pasaj; și la fiecare pas, există o oportunitate ca virusul fie să fie supus selecției, fie pur și simplu să se deplaseze și să-și schimbe secvența. Sau, bineînțeles, dacă nu se poate schimba, și secvențe identice ar putea fi depuse în bazele de date, poate începând din puncte ușor diferite, în funcție de protocolul de secvențiere al fiecărui laborator.

Mulți viruși sunt secvențializați o singură dată, poate ca izolat inițial sau ca pasaj timpuriu, deoarece nu există niciun motiv (sau capacitatea) să privim mai departe zecile de mii de izolate care sunt luate în fiecare an, dar acolo unde există un motiv să ne uităm. un virus gripal de mai multe ori, protocolul standard este re-secvențarea acestuia de fiecare dată când este utilizat. Pot garanta că există mult mai mult decât doar 4 secvențe de MI/45 acolo, probabil că sunt mai multe ca 400 care au fost făcute în toată lumea, doar că nu are rost să le depunem pe toate.


Priveste filmarea: TOP Cele Mai PUTERNICE Si NEOBISNUITE LOVITURI De FULGER Filmate Vreodata (Ianuarie 2022).