Informație

Compararea raportului de omologie între diferite specii


Am găsit următorul raport de omologie:

gene care codifică proteinele din organism cu un omolog la șoarece / toate genele care codifică proteinele din organism

Am făcut acest lucru pentru toate genele care codifică proteinele între mai multe organisme și șoareci folosind o abordare bazată pe filogenetică. Am observat că raportul găsit între un organism și un șoarece este mai mare decât raportul dintre un alt organism și șoarece! Pe de altă parte, al doilea este evolutiv mai aproape de mouse decât primul.

1. Încearcă o astfel de abordare să cuantifice omologia? Ceea ce știu nu este corect, deoarece omologia este o măsură calitativă.

2. Putem compara raportul de omologie dintre cele 2 cupluri de mai sus ale speciilor sau o astfel de comparație este părtinitoare?

3. Raportul omologiei nu ar trebui să fie proporțional cu distanța evolutivă a organismelor (în funcție de conservare)?

După cum puteți înțelege, în modul în care calculez raportul de mai sus, nu iau în considerare relațiile unu-la-mulți sau mulți-la-mulți! Țin cont doar de genele care au cel puțin un omolog la șoarece ... este aceasta părtinirea calculului meu?


1. Încearcă o astfel de abordare să cuantifice omologia? Ceea ce știu nu este corect, deoarece omologia este o măsură calitativă.

O abordare comună pentru identificarea ortologilor (omologie între două gene rezultate dintr-un eveniment de speciație) este „cea mai bună potrivire bidirecțională”: dacă explodați gena A (în specia 1) împotriva tuturor genelor din specia 2, cea mai bună potrivire este gena B, și dacă explodați gena B împotriva tuturor genelor din specia 1, cea mai bună potrivire este gena A.

2. Putem compara raportul de omologie dintre cele 2 cupluri de mai sus ale speciilor sau o astfel de comparație este părtinitoare?

3. Raportul omologiei nu ar trebui să fie proporțional cu distanța evolutivă a organismelor (în funcție de conservare)?

Nu în mod necesar. Faptul că două gene s-au separat cu mult timp în urmă nu le împiedică să fie omoloage. Omologia se referă la ascendențe comune (aici a două gene) și nu la distanță evolutivă.

Ați putea clarifica cum obțineți omologiile? Le-ați calculat singur (dacă da cum) sau ați folosit o anumită bază de date?


Priveste filmarea: Raportul de asemănare (Ianuarie 2022).